T7 - Sobre escribir artículos

i) ¿En qué tiempo verbal se escribe cada sección de un paper?

Depende de que se este tratando en cada sección. Si bien es cierto que en general lo ideal es mantener el mismo tiempo verbal en todos los apartados a veces no tiene sentido hacerlo. Por ejemplo, y siguiendo el orden IMRaD:

• El abstract e introducción generalmente utilizan el pasado para describir el problema tratado y la investigación seguida, como cuando se habla de problemas resueltos o investigaciones pasadas. A pesar de ello a veces es necesario hablar de temas actuales,por lo que el presente sería adecuado.
• En métodos y en resultados lógicamente se utiliza el pasado, dado que se habla de algo ya realizado. 
• A la hora de hacer una discusión lo ideal es utilizar el pasado, aunque al hablar de aplicaciones es posible utilizar otros tiempos si se hace adecuadamente, como puede ser el uso del futuro para hablar de posibles lineas de investigación.

ii) Indicar algunas de las finalidades por las que se incluye una referencia en un trabajo.

Generalmente las referencias se utilizan o bien porque dicha referencia ha sido la base (o parte de la base) de la que parte nuestro trabajo o bien porque se desea comparar resultados con dicho artículo, como puede ser el ofrecerles una solución a uno de sus problemaso, justificar un resultado obtenido o cuestionar algo. 

En los textos se menciona la posibilidad de citar con el objetivo de buscar mayor atención y quizás sea ingenuo al decir esto, pero yo creo que si una cita ha pasado por todos los filtros realmente aporta algo al artículo y que en el caso de estar simplemente por obtener notoriedad sería retirada, aunque es cierto que no sería extremadamente difícil realizar pequeñas modificaciones al artículo propio de modo que acoja mejor la cita prestigiosa.

iii) Alguna otra cuestión que os llame la atención y que merezca un comentario.

El vídeo del apartado 5 es muy interesante, puesto que a pesar de hacer presentaciones desde los 10 años aún seguimos cometiendo errores con relativa frecuencia. La presentación es algo complementario al trabajo realizado, al igual que una presentación excelente no vale para nada sin un buen trabajo previo lo inverso es igual de cierto. Considero que no estaría de más que toda presentación pasara antes por algún tercero para que este realizase un análisis, evitando así muchos posibles problemas.

T6 - Bibliometria

Como tarea T6 vamos a dejar un comentario abierto, escribid sobre lo que os haya llamado más la atención, si sabíais lo que es el factor de impacto... esas cosas.

Conocía los conceptos expuestos de las asignaturas de bases de datos científicas de la carrera, pero ha pasado bastante tiempo y tenía sus características concretas olvidadas.

Los tres apartados ofrecen una visión muy general de las citas y las métricas de calidad. Hablan de como el sistema de citas acarrea ciertos problemas, pero como el propio artículo dice las ventajas son mucho mayores que los problemas. Bien es cierto que por simple tema de cantidad de investigación algunas ramas científicas reciben muchas menos citas que otras, algo que también se menciona en el tercer artículo. 

Se habla de como la combinación de la bibliometría junto con otras técnicas, aun no claramente estandarizadas pero igual de importantes, es la manera más fiable a la hora de hablar tanto de impacto como de calidad, algo con lo que estoy completamente de acuerdo y que tiene perfecto sentido. El problema de esto es que la bibliometría, a pesar de sus claros problemas, es un valor numérico que se extrae igual de todas las revistas y artículos sin ningún paso adicional. El simple hecho de que sea así de sencillo obtener una métrica de calidad y el no tener que indagar más es un prospecto muy atractivo a la hora de realizar un análisis. Es importante considerar también que un pequeño número de artículos de alto impacto va a tener siempre un número de citas desproporcionadamente mayor al resto de los artículos, mientras que otros solo tendrán autocitas, algo que complica en cierta manera las métricas de calidad, aunque tal y como esta explicado en el e-libro esto ya ha sido estudiado y resuelto de manera aceptable.

Con el avance tecnológico esto se ha modificado en cierta manera, teniendo ahora métricas numéricas sencillas disponibles sobre el impacto social de cualquier artículo en concreto, aunque aquí se vuelve al mismo problema que antes, los únicos que van a tener un impacto real van a ser los más grandes, lo que no soluciona el problema, pero si ofrece otros caminos para estudiar la calidad y otras posibles vías para solucionar dicho problema de representación de los datos. La digitalización de las revistas ha permitido la salida de bases como SCOPUS y herramientas extremadamente útiles como SCIMAGO, las cuales si bien no proporcionan soluciones como tales, son de gran utilidad, especialmente en el caso de buscar revistas a las que ofrecer nuestros artículos en el caso de SCIMAGO. Por último cabe destacar la transparencia de estas métricas, algo muy importante.

T5 - Gestionar tu bibliografía

El primer apartado, el de la búsqueda, ofrece información sobre diversas bases de datos y un motor de búsqueda de información. Yo personalmente normalmente no he ido más lejos que PubMed, Web of Knowledge y Google Scholar, por lo que el conocer diferentes posibles fuentes de información es de ayuda, especialmente cuando cada base se especializa en diferentes campos. En mi caso en concreto mis búsquedas de artículos han sido prácticamente todas enfocadas en síntesis y medicina, por lo que las bases utilizadas han sido suficientes, pero en caso de necesitar información concreta de una rama difente, como puede ser de una ingeniería, el conocer alternativas será de mucha ayuda. Es interesante también conocer la experiencia de otros buscando cosas concretas en este mar de información en el que nos encontramos.

El artículo de la lectura científica habla de lo que yo conocía como "lectura diagonal", una herramienta esencial a la hora de hacer un análisis bibliográfico previo a un estudio.

Conocía la herramienta de Mendeley de mi trabajo de fín de grado y es una herramienta realmente útil, tanto como en almacenamiento y organización como en redacción del propio texto e inserción de citas en el mismo. Tiene una interfaz muy clara que facilita muchísimo el trabajo de un estudiante y asumo que hará la vida de un investigador muchísimo más fácil.

T4 - Papers: estructura, procedimiento de aceptación y cantidad

1.- Para inetentar comprobar el aumento de la literatura científica (de una forma un poco "chapucera", pero algo es algo) vamos a buscar papers sobre un tema concreto (elegid cada uno el tema que queráis) repitiendo la busqueda varias veces restringiendo los resultados a un rango de fechas concreto, por ejemplo un año. Así se puede hacer una gráfica de nº de resultados obtenidos en función del año (o mes o quinquenio, lo que hayáis decidido). A ver que sale.

Para la primera parte de esta tarea he decidido buscar información sobre un tema con una relevancia a priori uniforme a lo largo de los años, como es el caso del carcinoma hepatocelular.

Se observa claramente como hay un rango de años, entre 2005 y 2015 donde hay un aumento muy notable de publicaciones, la cual se mantiene durante el resto de los años pero deja de aumentar, incluso bajando un poco en el último año.

Asumiendo que este tipo de carcinoma no haya aumentado significativamente en los últimos 10 años se puede decir que en rango de 2005 y 2015 existe un claro aumento de artículos publicados. Es cierto que hubiera sido correcto utilizar la información de todas las revistas en conjunto y simplemente comparar los números a lo largo de los años, pero como ejemplo a pequeña escala este es suficiente.


2.- De todos los trabajos que salgan en la búsqueda del apartado anterior (y que no hay que hojear ni nada, en el apartado anterior solo nos interesa el número) elegid uno al que se pueda acceder al texto completo. ¿Se puede observar en ese trabajo la estructura IMRAD?

He seleccionado aleatoriamente el artículo "Heterogeneous beta-catenin activation is sufficient to cause hepatocellular carcinoma in zebrafish" (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6826293/)

Este artículo sigue las pautas IMRaD: Introducción, Métodos, Resultados y Conclusión.

T3: Documentación científica

- Que es un artículo científico

Un artículo científico es el fruto del trabajo de una investigación una vez ha sido publicado en una revista científica divulgativa. 

Como su propio nombre dice el objetivo principal es el de la divulgación, hacer llegar a un público en concreto, normalmente otros investigadores, la información obtenida a partir del estudio realizado. Para facilitar la transmisión de información, el objetivo principal, el artículo sigue una estructura muy rígida y antes de ser publicado pasa un estricto proceso de selección, solo es publicado cuando el texto cumple todas las normativas de calidad de información y estructuración establecidas. Todo  esto con el objetivo de comunicar información de la mejor manera posible al público.

- El documento científico como mérito profesional del científico

Los textos proporcionados hablan específicamente de como un un estudio no tiene validez alguna hasta que no ha sido publicado.  La razón de esto es que la publicación de un texto implica varias cosas, una de ellas es la mencionada en el apartado anterior, algo publicado tiene una cierta garantía de calidad, pues ha pasado por un proceso de selección y detrás del artículo hay varios responsables que han aceptado su publicación. Otra es que un artículo publicado esta disponible para escrutinio de todos y es así como será utilizado en el futuro. Es por ello que el mérito profesional está en ser publicado.

- Que es la escritura científica

En relación con el primer apartado la escritura científica sigue ciertos estándares de claridad y esta obligada a seguir cierto orden. La escritura esta obligada a seguir unas pautas establecidas y utilizar un lenguaje concreto. El apartado del lenguaje a utilizar es algo que uno de los artículos proporcionados recalca especialmente, habla de la necesidad de un científico de conocer no solo el idioma sino los estándares de habla del ámbito en el que se encuentra, algo que a priori parece obvio pero aun así es esencial.

T2 - Reflexión sobre qué es ciencia

Opción 2.-  Buscar algún ejemplo, en la historia de la ciencia o en situaciones de la vida cotidiana (política, etc.), en que problemas de percepción/ sesgos cognitivos (de los indicados en la 3ª lectura) fueran la causa de no encontrar la respuesta a lo que se buscaba. Un par de ejemplos o así.


Uno de los sesgos más interesantes en el mundo de la ingeniería biomédica es el de el prejuicio a posteriori o de retrospectiva. Esto significa que una vez conocido el resultado de algo se tiende a modificar la opinión en favor del resultado final deseado, es decir, una vez se conoce el resultado es muy fácil buscar justificaciones para el mismo. Un ejemplo muy interesante de esto es el de juicios por mala praxis médica en cuento al análisis de imagen de un experto. Resulta muy fácil encontrar una lesión en una imagen que ya se conoce es patológica, por ejemplo en un juicio, pero cuando una persona trabaja día a día el encontrar dicha lesión puede ser mucho más complicado(1). Aunque el ejemplo concreto trata de radiografías este concepto se extiende en general a todo error médico, dado que este es un campo en el que cualquier error destaca y en el que el prejuicio a posteriori es un problema real.

Existe también un estudio interesante relacionado con este tipo de sesgo en concreto, en dicho estudio a varias personas se les dieron unas imágenes de personas famosas, ya etiquetadas,  que comenzaban muy borrosas y se iban esclareciendo. Estas personas debían estimar en que momento de borrosidad serían capaces de reconocer otro grupo de personas a los famosos en las imágenes. Como es lógico en la mayoría de los casos el grado de borrosidad al que sería reconocidos fue severamente infra estimado, dado que el grupo inicial tenía ya la pre concepción de quien era la persona en la imagen (2).






1) https://books.google.com.ar/books?id=3HDPj2VJsRIC&pg=PA387&dq=prejuicio+de+retrospectiva&hl=es&sa=X&ei=Na3WUvP8D86gkAfmj4CACA#v=onepage&q=prejuicio%20de%20retrospectiva&f=false

2) The “Saw-It-All-Along” Effect: Demonstrations of Visual Hindsight Bias. Erin M. Harley, Keri A. Carlsen and Geoffrey R. Loftus. Journal of Experimental Psychology: Learning, Memory, and Cognition. 
https://www.nifc.gov/PUBLICATIONS/acc_invest_march2010/speakers/Visual%20Hindsight.pdf

T1 - Qué es ciencia

Desde mi punto de vista siempre he pensado en el término ciencia como el estudio de cualquier tipo de fenómeno. Esta idea se expande y analiza en los textos proporcionados, otorgando cierto contexto a este concepto y explicando sus diferentes ramificaciones. En esta entrada hablaré de las partes más interesantes de los textos y vídeos.

Uno de los puntos que yo considero fundamentales es el "como?" de un estudio, la forma de realizar un estudio de tal manera que luego este pueda ser estudiado y replicado por terceros. Viniendo desde un entorno científico esto para nosotros puede parecer algo obvio, pero los textos proporcionados tratan sobre como este no siempre es el caso e intentan ofrecer un desglosado del método científico. Si bien es cierto que no existen pautas estrictas que puedan ser consideradas las mejores a la hora de realizar un estudio, dado que los estudios tienen un rango extremadamente amplío, el seguir un orden lógico y de ser posible estándar es fundamental en cuanto a reproducibilidad. El seguir un orden basado en la lógica y un estudio previo es fundamental para que el estudio actual tenga validez futura. Es por ello que el método científico es posiblemente la parte más fundamental de la ciencia. De hecho no solo es aplicable en la ciencia, puesto que en su estado fundamental el método es solo una forma de organizar, realizar y presentar el estudio de forma más objetiva posible, algo que se puede extrapolar a cualquier tipo de trabajo o incluso a la vida cotidiana.

Hablando de la ciencia también es interesante hablar de la dureza de las ramas de la ciencia. Yo personalmente nunca había escuchado el término y no creo que tenga demasiada importancia, como hemos dicho la ciencia es el estudio de un fenómeno, este fenómeno puede ser cualquier cosa. Puede que hubiera sentido en clasificar la dureza de la ciencia en función de como se realiza dicho estudio o en utilizar términos como práctico o teórico, que aún así son ambiguos, pero no en clasificar una rama científica como tal en dura o blanda.

Otra idea interesante es la de la percepción de la ciencia en la vida cotidiana. Desde mi punto de vista subjetivo creo que la percepción general del público es de aceptación y en general muy positiva. Uno de los artículos habla de como la persona no científica en ocasión siente cierto escepticismo por la veracidad de los nuevos avances. Esto posiblemente se ve agravado por como en el mundo científico actual se promueve publicar lo máximo posible, de tal manera quizás promoviendo el hablar de conclusiones que puede no estén del todo claras o que hayan sido algo tergiversadas. Aun así considero que la gran mayoría de las personas son críticas de lo que escuchan. Vivimos en una era de saturación de información y la población actual esta acostumbrada a hacer un cribado y considerar el origen de la información que recibe. Es cierto que siempre existen minorías ruidosas cuyas opiniones puedan dar una idea errónea de la opinión pública general, pero considero que su influencia en el mundo científico es muy baja y que en general la opinión global es positiva.

Para resumir, considero ciencia es el estudio de cualquier tipo de fenómeno, el método  y orden de dicho estudio es fundamental, no veo el sentido de los términos de dureza/blandeza y considero que la percepción general de la ciencia por el ciudadano medio es alta y educada.

Iniciación a la investigación (2019-20)

A partir de aquí las entradas del blog corresponderán con la asignatura de Iniciación a la investigación (2019-20).

Tarea 12 - 17/12/2018

Esta tarea fue realizada en colaboración con Jorge Pascual y Jose Ángel Ochoa. Se encuentra localizada en el blog de Jorge Pascual.

Tarea 11 - 04/12/18

Enunciado: "¿A qué energías de un fotón corresponderían las diferencias de energía entre los estados del protón para valores típicos de campo magnético usados en RMN?"

Según la ecuación de Larmor la frecuencia de precesión se corresponde con la siguiente formula: f_p = γ x B x (2xpi)^-1

En esta ecuación γ hace referencia a la constante giromagnética, específica de cada material(MHz/T) y B se refiere al campo magnético presente(T). 

En los protones del núcleo de hidrógeno con spin neto de ½ esta constante giromagnética tiene un valor de 42,5 MHz/T y el campo utilizado suele ser de 1 T. En este caso la frecuencia de precesión tiene un valor de 6,76 s^-1.

Teniendo en cuenta que la energía correspondiente a un protón está determinada por la relación entre su energía y la constante de Planck( E = h x f_p ). Resolviendo esta ecuación se obtiene un resultado de 4,48 x  10^-33 J por unidad de protón.

Tarea 10 - 20/11/2018

Enunciado:
"T10 (cierre del tema). A continuación tenéis un anuncio comercial de varias series de equipos de CT de una casa comercial (Toshiba). A partir del anuncio hay que responder a las siguientes preguntas (en una entrada en el blog, claro):

1.-¿Entendéis todos los "argumentos" que exponen para convencer del interés del equipo (o especificaciones)?
2.- Listarlas
3.- ¿Que diferencias hay entre los 3 modelos que se comentan?"

1.- Si. La teoría dada en clase ha sido suficiente para poder entender todas las características de las que se habla en el vídeo.

2.- En el vídeo se habla de tres aparatos diferentes, cuyas características son las siguientes:

Aquallion One: Vision Edition

  - 640 cortes de 0,5nm con un tiempo de rotación de 275 ms.

  - Reconstrucción iterativa de imágenes en 3D AIDR(Adaptive Iterative Dose Reduction). Esto garantiza la menor dosis posible para cada paciente.

  - Utiliza una reconstrucción de 50 fotogramas por segundo.

  - Camilla con soporte de 300 kg y puerta de entrada de 78cm.

  - Desplazamiento lateral asistido.

  - Reconstrucción instantánea de alta resolución y filtros híbridos para acelerar el diagnóstico.

Aquallion Prime

  - Permite la realización de 80 o 160 cortes de 0,5 nm.

  - Reconstrucción iterativa de imágenes en 3D AIDR. 

  - Camilla con soporte de 300 kg y puerta de entrada de 78cm.

  - Desplazamiento lateral asistido.

  - Tamaño reducido. Diseñado para ser instalado en habitaciones pequeñas.

Astellion

  - Su característica principal es la reducción de emisiones de CO2.

  - Modelos con 16 y 32 cortes de 0,5 nm.

  - Reconstrucción iterativa de imágenes en 3D AIDR. En este caso se obtiene una reducción del 75% de dosis por cada corte en comparación con sistemas que no lo usan.

  - Optimizado para utilizar la mínima energía posible con le máximo rendimiento.

  - Tubo con capacidad de 7,5 MHU.

  - Generador de 72kW.

  - Muy silencioso.

  - Reciclable en un 92%

3.-  Los tres modelos tienen, a modo general, características similares y utilizan sistemas de reconstrucción de imagen similar, algo lógico ya que el objetivo principal de los tres es el mismo. Las diferencias más llamativas son las del número de cortes realizados por unidad de tiempo. Si bien es cierto que en los dos últimos modelos no especifica la velocidad a la que se realizan dicha cantidad de cortes se asume que en todos los modelos habla de tiempos de rotación de 275 ms. El modelo Aquallion One: Vision Edition realiza un número de cortes mucho mayor a los otros dos y es el más potente de los tres.

La razón por la que los otros dos modelos presentan una realización de cortes más lenta es que su diseño se ha centrado en otros aspectos. Aquallion Prime ha sido diseñado para ser un aparato de tamaño relativamente reducido que pueda ser colocado en habitaciones pequeñas, mientras que Astellion se ha centrado en un aspecto ecológico, limitando su emisión de CO2, su gasto energético e incluso siendo el propio dispositivo reciclable.